Drugorzędna misja CanSat muszą zostać wybrane przez zespół. Zespoły mogą czerpać pomysły z prawdziwych misji satelitarnych lub zbierać dane naukowe na potrzeby konkretnego projektu, przeprowadzić demonstrację technologii dla zaprojektowanego przez studentów projektu. składniklub jakąkolwiek inną misję, która zmieściłaby się wewnątrz CanSat i pokazać jego możliwości. Zespoły powinny przeprowadzić burzę mózgów na temat własnych celów misji, pomysłów i ograniczeń, aby spróbować zdefiniować swoją misję. Zespoły studenckie mogą zaprojektować dowolną misję, o ile mogą wykazać, że ma ona wartość naukową, technologiczną lub innowacyjną. Zespoły powinny również pamiętać o ograniczeniach i wymaganiach misji CanSat oraz rozważyć wykonalność (zarówno techniczną, jak i administracyjną pod względem czasu i budżetu) wybranej przez siebie misji. Zespoły mogą czerpać inspirację z Misje ESA do projektowania własnych misji drugorzędnychktóre mogłyby stanowić podstawę prawdziwej misji kosmicznej! Poniżej znajdują się trzy przykłady misji drugorzędnych.