La missione secondaria del CanSat deve essere scelta dalla squadra. Le squadre possono prendere spunto da missioni satellitari reali o raccogliere dati scientifici per un progetto specifico, realizzare una dimostrazione tecnologica per un componente progettato dagli studenti, o qualsiasi altra missione che possa rientrare nel CanSat e mostrare le sue capacità.Le squadre devono fare un brainstorming degli obiettivi, delle idee e dei vincoli della propria missione per cercare di definirla. Le squadre di studenti sono libere di progettare una missione a loro scelta, purché possano dimostrare di avere un valore scientifico, tecnologico o innovativo. Le squadre devono anche tenere presenti i limiti e i requisiti della missione CanSat e considerare la fattibilità (sia tecnica che amministrativa in termini di tempo e budget) della missione scelta. Le squadre sono invitate a prendere ispirazione da Missioni dell'ESA per progettare le proprie missioni secondarie, che potrebbero costituire la base di una vera missione spaziale! Di seguito sono riportati tre esempi di missioni secondarie.